Las aventuras de Bernardo y Bianca

Una noche en un vapor de ruedas abandonado en pantano, una niña deja caer al agua un mensaje en una botella. la botella viaja por el océano, donde se topa con un gran transatlántico y luego atraviesa una furiosa tempestad. Finalmente la botella llega a la costa de la ciudad de Nueva York donde es encontrada por unos ratones vecinos. Durante una asamblea de emergencia de la Sociedad International de Rescate de ratones, localizada en el sótano de las Naciones Unidas, la delegada de Hungría, la atractiva ratona Miss Bianca, se ofrece a llevar a cabo la misión, escogiendo como compañero al conserje Bernardo.

Juntos llegan hasta el orfanato Morningside, al cual el mensaje iba dirigido, y el viejo gato Rufus les cuenta sobre la última vez que vio a Penny, la autora de la nota. Ella había estado muy triste pensando que jamás sería adoptada y se cree que poco después se fugó del lugar. Rufus dice que la policía ha dejado de buscarla y, como último detalle, les comenta también que una mujer extraña, dueña de una tienda de empeño, se había ofrecida a llevar a Penny de paseo en coche.

Miss Bianca y Bernardo llegan a la tienda de Madame Medusa donde escuchan una conversación telefónica entre ella y un conocido llamado Snoops. Es evidente que tienen a la niña prisionera con el propósito de encontrar cierto diamante. Enfurecida al oír que el Sr. Snoops ha descubierto a Penny enviando mensajes en botellas, toma sus pertenencias y se dirige hacia el helipuerto en su automóvil. Miss Bianca y Bernardo intentan seguirla, pero al final la pierden de vista.

Al amanecer, llegan al helipuerto donde se proponen volar al Bayou del Diablo por medio de Orville, un albatros que no le inspira mucha confianza al temeroso Bernardo, quien acaba de ser testigo de su aterrizaje forzoso. Después de un vertiginoso despegue a través de las calles de la ciudad, Miss Bianca y Bernardo vuelan tranquilamente hacia la isla donde temen que Madame Medusa tiene cautiva a la niña.

En el Bayou del Diablo, Madame Medusa descubre que Penny se ha escapado de nuevo y envía a sus feroces mascotas, los caimanes Brutus y Nerón, a que la traigan de vuelta. Poco después, Miss Bianca, Bernardo y Orville llegan al lugar tras otro aterrizaje forzoso debido a los fuegos artificiales del Sr. Snoops, que él empleaba para iluminar el pantano y facilitar la captura de Penny. Ellie Mae y Lucas, dos ratas almizcleras habitantes del pantano, le dan la bienvenida a los ratones. Todos son testigos de que Brutus y Nerón han capturado a la niña y a su osito de peluche Teddy, y que se disponen a llevarla de nuevo al escondite de Madame. Ellie Mae les ofrece el servicio de Evinrude, la libélula, y su transporte (una hoja-lancha sobre el agua); los tres siguen la pista de los caimanes. Por fin llegan al viejo barco donde el Sr. Snoops recibe a los caimanes y a la niña, a quien manda a su habitación.

Madame Medusa regresa de buscar a Penny, y los ratones pueden escuchar sus intenciones. Parece ser que el Ojo del Diablo, un grandioso diamante, se encuentra en el interior de una cueva donde pretenden obligar a Penny a entrar y encontrarlo. Bernardo se propone liberar a Penny esa misma noche, pero antes tendrán que evadir a los feroces caimanes y a la escopeta de Madame Medusa. Tras ser descubiertos, logran abandonar el barco pero empiezan a dudar si serán capaces de llevar a cabo la importante misión.

Miss Bianca y Bernardo llegan a donde se encuentra Penny, muy triste ya que Madame Medusa, cruelmente le acaba de recordar que debido a su aspecto humilde, nadie jamás se interesará en adoptarla. Bianca y Bernardo se introducen y la consuelan, asegurándole que intentarán todo lo posible por liberarla. Bernardo sabe que necesitarán ayuda y llama a Evinrude para que avise a Ellie Mae y a los demás habitantes del pantano. Ellie Mae ha reunido a los vecinos y todos esperan que aparezca Evinrude para avisarles; sin embargo, la libélula se retrasa cuando una bandada de hambrientos murciélagos intentan comérsela.

Sin la intervención de los habitantes del pantano, a la mañana siguiente, Madame Medusa y el Sr. Snoops llevan a Penny hacia la apertura de la cueva, donde una vez más le ordenan entrar y escarbar hasta encontrar el preciado diamante. Para persuadirla, Madame le arrebata a Teddy, su osito, diciéndole que a menos que traiga el diamante, no lo volverá a ver. Penny, con los ratones en su bolsillo, entra en la tenebrosa cueva de piratas donde busca hasta que por fin encuentra la gema en el interior de un cráneo. Sacarlo no resulta fácil y la marea empieza a subir, inundando la cueva y complicando aún más la situación. Los tres temen morir ahogados hasta que, con la ayuda de una vieja espada, Penny logra separar la mandíbula del cráneo y hacerse con el diamante.

Con la gema en sus manos, el Sr. Snoops ayuda a Penny a salir de la cueva donde Madame Medusa le arrebata el diamante; Snoops reclama la mitad del tesoro como habían acordado desde un principio, pero Madame se niega rotundamente a repartirlo. De nuevo en el barco, Madame Medusa se prepara para abandonar el lugar con el diamante escondido dentro del osito de peluche, advirtiéndoles a Penny y a Snoops que los matará si intentan seguirla. Miss Bianca y Bernardo logran hacer tropezar a Medusa en su salida, y el osito de peluche vuela de sus manos. Penny se hace con su querido Teddy y pronto, los habitantes del pantano ponen en práctica su plan de huida. Creando distracción, Penny y los demás se suben en la lancha de Medusa y escapan. Los fuegos artificiales causan la explosión del barco y Madame Medusa, sujeta a una chimenea, ve cómo Penny huye con su preciado diamante, a la vez que sus antes leales caimanes intentan devorarla.

De nuevo en la Sociedad de Rescate, Miss Bianca, Bernardo, el presidente y los demás delegados ven por televisión un reportaje en el que se habla sobre cómo Penny entregó el diamante al Instituto Smithsoniano y cómo poco después su mayor sueño se realizó: el ser adoptada. Evinrude aparece en la reunión de la sociedad con una nueva llamada de auxilio. Aunque Bernardo duda, Bianca lo convence de aceptar esta nueva misión, y poco después, salen con Evinrude y Orville hacia la nueva aventura.